โรงเรียนบ้านมาบริหารงานภายใต้การกำกับของผู้อำนวยการโรงเรียน โดยแบ่งโครงสร้างการบริหารออกเป็น 5 กลุ่มงานหลัก เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ
- กลุ่มบริหารวิชาการ — หลักสูตร การเรียนการสอน วัดผลประเมินผล
- กลุ่มบริหารงานบุคคล — พัฒนาครูและบุคลากร
- กลุ่มบริหารงบประมาณ — การเงิน พัสดุ สินทรัพย์
- กลุ่มบริหารทั่วไป — อาคารสถานที่ ธุรการ
- กลุ่มบริหารกิจการนักเรียน — ดูแลช่วยเหลือ ส่งเสริมวินัย
การบริหารยึดหลักธรรมาภิบาล โปร่งใส ตรวจสอบได้ และเปิดโอกาสให้ทุกภาคส่วนมีส่วนร่วม